Przeklejam informację od bezpośredniego suportu Loco:

Komunikat „Custom translations may not work without System translations installed” pojawia się jako przypomnienie, że tłumaczenia Loco Translate będą działać tylko dla wybranego języka systemu. Aby uzyskać dalsze wyjaśnienia, proszę obejrzeć ten film – https://d.pr/v/YXlUEu. Przestrzeganie instrukcji wideo powinno rozwiązać problem.

Sprawdź tłumaczenia w systemowych plikach: Upewnij się, że systemowe tłumaczenia są zainstalowane. Możesz to zrobić, przechodząc do zakładki “Languages” w ustawieniach WordPressa i sprawdzając, czy język polski jest w pełni zainstalowany i aktywny.

Co możesz jeszcze zrobić?
Często cache przeglądarki lub wtyczek cache’ujących (np. W3 Total Cache, WP Super Cache) może powodować, że zmiany nie są widoczne. Wyczyść cache przeglądarki i, jeśli używasz wtyczek cache’ujących, również je wyczyść. Rozważ czy nie wyłączyć ich całkowicie podczas pracy nad stroną.

Ewentualnie edytuj pliki tłumaczeń ręcznie wg instrukcji Pawła powyżej.